Tom, bau die Schatung sauber auf 'ner Platine auf, statt auf 'nem Steckbrett.
Dann werden die Signale schon deutlich besser aussehen.
Achte auf Entkoppelkondensatoren, dichtest möglich an den Versorgungsanschlüssen der ICs.
Beim Platinenlayout achte auf sternförmige Verbindung der Spannungsversorgungsanschlüsse (inkl. GND) zu einem gemeinsamen Sternpunkt - eine Kombination aus Elko und Kerko, dem die Versorgungsspannung vom Netzteil zugeführt wird.
Dein Steckbrett-Aufbau weicht von diesem Ideal natürlich sehr ab.
Wenn die Eingangssignale vom RasPi über 'ne Leitung zugeführt werden, solltest Du diese terminieren, um Reflexionen weitgehend zu minimieren.
800 kHz sind eben schon fast ein MHz. Da treten schon allerhand Schmuddeleffekte auf, wenn die Leitungsführung suboptimal ist.
Und: Wer misst misst Mist ...
Ein Oszi belastet eine Signalquelle. Dass kann sich positiv auswirken, indem Störungen bedämpft werden. Dann sieht ein gemessenes Signal besser aus, als es ohne angeschlossenem Oszi tatsächlich ist.
Gerade die Signale vom RasPi, wenn diese über eine Zuleitung kommen und nicht terminiert wurden, werden sicherlich deutlich vom Oszi-Tastkopf beeinflusst.