Der AVcc Pin ist die Spannungsversorgung des ADC Teils des AVR. Der Low Pass Filter davor dient dazu die Genauigkeit des ADC Wandlers zu erhöhen. Wenn du da Abstriche machen kannst und willst, kannst du den Filter weglassen.
Ob du da nen Unterschied bemerkst hängt davon ab, wie genau du Messen willst und wie sauber die Versorgungsspannung ist.
Da du den AD Wandler nur herausführen willst für irgendwelche Anwendungen, würde ich den Filter im Layout berücksichtigen. Ob man den dann Bestückt oder einfach für die Induktivität ne Brücke setzt ist dann auch egal.
Auf die Wannenleiste würde ich Vcc legen. Wenn du AVcc herausführst könntest du dir über dort angeschlossene Abnehmer wieder Störungen auf den AD Wandler holen.